I diversi tipi di file audio variano in base alla loro compressione: ci sono file con compressione lossless e file con compressione lossy. Alcuni tipi di file audio possono usare entrambi i metodi di compressione.
Il vantaggio dei file con compressione lossless è l'alta qualità dell'audio. Gli audiofili preferiranno la qualità audio di un file FLAC a quella di un file con compressione lossy, che però avrà una dimensione molto più ridotta. È per questo che i file con compressione lossy (come gli MP3, per esempio) sono molto più diffusi e supportati.